Projekt se je začel že leta 2001: leta 1999 je bil nadzor nad Panamskim prekopom iz ZDA prenesen iz ZDA na panamske oblasti, hkrati pa se je postavilo vprašanje o novi uporabi sosednjih ozemelj. Eden od odsekov, ki ga je prej zasedla ameriška letalska baza, je bil dodeljen muzeju. Gradnja se je začela leta 2006, vendar se je Biomuseo odprl za javnost šele v začetku oktobra, čeprav še ne v celoti: več dvoran in akvarij bo pripravljenih šele pozimi 2016.
S svojo barvito aluminijasto streho bi muzej moral spominjati na živahno naravo Paname, kovinske strehe lokalnih koč in zgodovinske strukture kanalske infrastrukture. Nahaja se na ozkem polotoku, ki štrli v zaliv, stavba pa je vidna že od daleč in svojim obiskovalcem ponuja panoramski pogled na mesto in pacifiška "ustja" Panamskega prekopa.
Trajanje gradnje muzeja, ki so ga domačini poimenovali "muzej, ki ne bo nikoli dokončan," med drugim pojasnjuje nizka usposobljenost lokalnih graditeljev. Grobi beton tal in sten je bilo treba večkrat preliti, streha s tolerancami 6 mm pa je predstavljala tudi veliko težav.
Zdaj pa muzej ni le uspešno zgrajen, ampak skoraj v celoti napolnjen z razstavo "Most življenja", ki jo je zasnoval Bruce Mau. Smithsonian Institution v Washingtonu je bil odgovoren za znanstveno plat projekta, Biomuseo pa je postal njegov edini partnerski muzej zunaj ZDA.
Muzej je posvečen neverjetni naravni raznolikosti Panamske prevlade: s površino 75.000 km2 živi več vrst ptic, sesalcev, plazilcev in rastlin kot v ZDA in Kanadi skupaj. Poleg tega razlaga podrobno pripoveduje o procesu nastanka prevlade, ki se je začel pred 12 milijoni let in končal pred 3 milijoni let. Njegov videz je spremenil ekosisteme in podnebje v planetarnem merilu: namesto enega samega oceana so nastali zelo različni Atlantik in Tihi ocean, Golfski tok se je "začel" iz nastajajočega Karibskega morja, Severna in Južna Amerika pa sta se prvič združili v 70 milijonih letih. Ob prevlaki se je začela aktivna migracija živali in relativno nedavno, pred 15.000 leti, so prvi ljudje prešli to pot od severa proti jugu.
Biomuseo, ki stane 95 milijonov dolarjev (ne upoštevajoč stroškov še nedokončanih razstavnih dvoran), je namenjen predvsem šolarjem (tja naj bi na leto pripeljali 40.000 študentov na brezplačne izlete) in turistom, saj je terminal za križarke zelo blizu. V idealnem primeru oblasti od muzeja pričakujejo "učinek Bilbaa". Po njihovem načrtu bi moral postati isti simbol mesta Panama in države Panama, kar je postala Utsonova operna hiša za Sydney in Avstralijo.
