Projekt prenove je sponzoriral Španec Cruz y Ortiz, razstavo je zasnoval Jean-Michel Wilmotte, obnovo pa je izvedel Van Hoogevest Architecten. Naloga arhitektov je bila prilagoditi obsežno stavbo v glavnem toku eklekticizma, ki jo je leta 1885 zgradil Petrus (Pierre) Kuypers, za potrebe muzeja 21. stoletja. Bujna notranjost je pozornost odvračala od eksponatov, premalo prostora je bilo tako za razstave kot za spremljevalni program, nemogoče je bilo urediti stalno razstavo po enotnem sistemu itd.
Zdaj so vsi eksponati od 12. do 20. stoletja razporejeni v strogem kronološkem vrstnem redu, po tleh od spodaj navzgor, kronologijo pa podpira barvna shema: barva na stenah se postopoma sveti, ko se premika navzgor in doseže skoraj belo v dvoranah moderne umetnosti. Hkrati so bila vsa dela urejena na nov način, z izjemo najpomembnejšega - "Nočne straže" Rembrandta, ki se je vrnila na svoje nekdanje mesto v "Častni galeriji", kjer so bila dela zlate Razstavljena je starost nizozemske umetnosti.
Arhitekti so po že ustaljeni shemi v muzejski gradnji dve dvorišči stavbe blokirali s steklenimi strehami, poglobili pa so jih tudi do nivoja -1 nadstropja, predhodno pa so odstranili poznejše prizidke, ki so jih zasedli. Nato so pod eno dvorišče postavili avditorij, pod drugo pa muzejsko trgovino in kavarno. Dvorišča so se sama spremenila v prostorne javne prostore, do katerih je mogoče dostopati tudi brez nakupa vstopnice. Njihove stene tvorijo dvoriščne fasade muzeja, nove površine pa so obložene s svetlim kamnom. Antonio Cruz in Antonio Ortiz sta upoštevala napako Normana Fosterja, na dvorišču Britanskega muzeja se vsak zvok jasno sliši in celo odmeva, zato v muzeju Rijksmuseum zvoke dušijo bele rešetke z zvočno absorpcijskim materialom, obešenim na stropih..
Toda glavni problem arhitektov je bila združitev dveh dvorišč v eno celoto. Zgodovinska stavba ima v središču fasade hodnik za pešce in kolesarje, ki omogoča hiter prehod skozi stavbo. Projekt rekonstrukcije je predvideval, da se bo spremenil v glavni vhod v muzej, ki bo združil oba dvorišča, vendar so se meščani uprli in zdaj je hodnik ohranjen v prvotni obliki, do muzeja je mogoče dostopati skozi štiri majhne vhode in postaviti podzemni prehod pod njo, ki povezuje dvorišča med seboj.
Muzej je bil leta 2003 zaprt za obnovo, odprt pa naj bi bil že leta 2008. Desetletno obdobje dela je razloženo z dejstvom, da si je bilo treba prizadevati za titanske gradnje podzemnih nivojev v tleh, napolnjenih z Amsterdamom, in izvajalca za tako zapleten projekt ni bilo. Arcadisovi inženirji so naredili nove podzemne dele stavbe strukturno neodvisne od zgodovinske strukture, saj se počasi umiri. Zato sta zemeljski hodnik in "Častna galerija" nad podzemnim prehodom med dvorišči zdaj spremenjena v "most", ki visi nad njim. Izkopane jame so takoj napolnili z vodo, zato so jih za podvodna dela prelili s posebnim betonom, postopek pa so nadzorovali potapljači.
Proračun projekta je znašal 375 milijonov evrov, vključuje pa tudi gradnjo ločenega paviljona azijske umetnosti, postavljenega v središču ribnika, adaptacijo parka na kiparski vrt po projektu Copijn Landschapsarchitecten (14.500 m2), gradnja službene vhodne stavbe, rekonstrukcija zgodovinske risarske šole (Teekenschool) kot muzejskega izobraževalnega središča, pa tudi gradnja stavbe muzejskih delavnic v bližini muzeja Rijksmuseum, združene z drugo stavbo Kuypers - nekdanjim Zavodom za Varnost in zdravje pri delu.
Toda obnova muzeja še ni zaključena: v času obnove je ostal odprt
krilo Philips bo zdaj preurejeno v sodoben začasni razstavni prostor. Avtorji projekta so tudi Cruz y Ortiz.
