Muzej se bo pojavil na ulici Valovaya, blizu kanala Raduni - v slikovitem in nenatrpanem kotičku starega mestnega jedra. Ta kraj je izjemno pomemben tako za poljsko kot evropsko zgodovino. V bližini predvojnega obdobja, ko je Gdansk nosil ime "Svobodno mesto Danzig" in je bil nevtralno ozemlje pod nadzorom Društva narodov, je poljska pošta. V medvojnem obdobju je bila ena od dveh poljskih državnih institucij v mestu (druga je bila Vojaška tranzitna postaja na polotoku Westerplatte). Zato je pošta 1. septembra 1939, na prvi dan druge svetovne vojne, postala eden glavnih ciljev nacističnih čet in kljub junaškemu odporu poštnih uslužbencev (nekateri so umrli v bitki ali kasneje umrl zaradi ran, ostale so nacisti usmrtili), so jih ujeli. Zdaj je v stavbi skupaj s pošto muzej, bližnji trg pa je poimenovan po zagovornikih poljske pošte. Muzej druge svetovne vojne, ki naj bi se odprl leta 2014, v letu 75. obletnice svojega začetka, bo dopolnil to spominsko območje.
O tem, kateri projekt muzeja je vreden izvedbe, so se odločili predsednik žirije, podžupan mesta Gdansk Wieslaw Bielawski, poljski arhitekti Grzegorz Bucek, Wieslaw Chabanski in Wieslaw Gruszkowski, predstavniki mednarodne arhitekturne skupnosti Daniel Libeskind, Hans Stiman in George Ferguson ter zgodovinar Wojciech Duda, direktor Londonskega muzeja britanskega poljskega izvora Jack Lohman in oblikovalec Andrzej Pongowski. Člani žirije so pregledali skupno 240 projektov iz 33 držav.
Nagrade je prejelo sedem udeležencev, ki so si delili nagradni sklad v višini 200 tisoč evrov. Tri glavne nagrade so prejeli biro Kwadrat (projekt bo izveden), poljska delavnica Piotr Płaskowicki & partnerzy oziroma grški arhitekti Betaplan. Denarne nagrade so prejeli tudi bolgarski, turški in dva poljska urada.
Spomladi 2010 je uradna spletna stran prihodnjega muzeja objavila poziv Donalda Tuska konkurenčnim arhitektom. Poljski premier je predlagal, da bo "koncept muzeja in njegov nadaljnji razvoj v veliki meri odvisen od arhitekturne oblike." In tako se je tudi zgodilo: Jaceku Droszczu, vodji studia Kwadrat, je v svojem delu res uspelo delno vnaprej določiti odločitev muzejske razstave. V intervjuju za poljski časopis Gazeta Wyborcza Trojmiasto je spregovoril o simboliki svoje različice muzeja: bodoči obiskovalci si bodo ogledali razstavo, začenši od podzemnega dela ("je kot pekel, ki ga je ustvarila vojna") in končal z stolp s panoramo prenovljenega mesta Gdansk. Čas in prostor sta tu temeljni kategoriji. Strašno potovanje skozi čas se začne v ječi; obiskovalec muzeja se vrne v modernost šele potem, ko se dvigne na nivo tal. Stolp na koncu razstave simbolizira prihodnost, ki nadomešča preteklost in sedanjost.
Žirija je ugotovila, da stavba, ki jo je zasnoval studio Kwadrat, obiskovalec občuti grozo vojne, a mu hkrati ne jemlje upanja v prihodnost. Po mnenju strokovnjakov je zapletena tema pravilno razkrita. Vrednost stavbe se poveča zaradi njene vsestranskosti; muzejski stolp je torej povsem konstruktivna iznajdba: postal bo čudovit razgledni krov. Prostor muzeja ni bil ustvarjen samo zato, da pripoveduje o preteklosti, ampak je v enaki meri postal tudi prostor za prosti čas prebivalcev in gostov sodobnega Gdanska.
Zanimivo je, da je bilo samo dejstvo gradnje muzeja sprva obravnavano dvoumno. Na primer, predstavnik regionalne spomeniške zaščite Marian Kwapiński je izrazil zaskrbljenost glede zaščite zgodovinskega območja mesta, vendar je uspešen projekt uspel razrešiti vse dvome.
Arhitekti drugouvrščenega Piotra Plaskowickega in partnerzyja so dejali, da je njihov muzej bolj "anti-zgradba". Po njihovem projektu je na bregu kanala masivna temno rdeča stena z ostrimi zobmi na vrhu, zraven pa je paralelepipedni paviljon, ki mu nasprotuje. Ta dva elementa sta med seboj ločena s pokritim prostorom - sprehajalno potjo. Ta projekt ni nič manj simboličen kot zmagovalec prvega mesta. Žirija je v njem videla preoblikovanje zgodovinskih obdobij - vojaškega in modernega, zgodbe o uničenju in oživitvi.
Ideja delavnice Betaplan temelji na pravokotniku, razdeljenem na več drobcev. Izdelali so novo obliko in postavili dele prvotnega pravokotnika v naključnem vrstnem redu na razdalji drug od drugega. Rezultat so zgradbe, povezane s skupnim prekrivanjem in tvorijo ploščad: obiskovalci se nanjo lahko povzpnejo. Žirija je muzej grškega urada zelo cenila, ker je avtorjem uspelo "začutiti" Gdansk in zgradbo uspešno umestiti v mestno krajino. A to se je izkazalo za nezadostno, saj je ta možnost dosegla le urbani obseg, organizatorji pa želijo iz prihodnjega muzeja narediti resnično nacionalno in celo vseevropsko ustanovo.
Po poročanju Gazete Wyborcza Trojmiasto je bila 4. januarja 2011 sprejeta resolucija o financiranju projekta Muzeja druge svetovne vojne. Za njegovo gradnjo in ureditev bo porabljenih 358 milijonov zlotov (približno 120 milijonov dolarjev). Danes muzej velja za prednostno zgradbo: to pomeni, da mu bo tudi v težkem času po krizi namenjena prednostna pozornost, saj bo muzej, posvečen vojni, še vedno povezan s kakršnim koli premagovanjem ovir in oživitvijo.
