Stavba se nahaja ob vznožju skale, na kateri je Akropola. Zaradi posebnosti najdišča je orientirano vzdolž osi vzhod-zahod, vendar zaseda celotno zgornje, tretje nadstropje, Galerija Partenon je močno razporejena glede na glavni volumen stavbe in gleda na sever. To ni omogočilo le delnega reševanja problema pregrevanja v vročem podnebju, temveč je tudi dvorano vizualno povezalo s skulpturami, ki so nekoč krasile fasade velikega templja, s samim Partenonom, ki se nahaja manj kot 300 metrov od muzeja. Dinamični učinek te rešitve napolni stavbo z energijo; v tem je mogoče videti določen simbolni pomen: zdi se, da se obrača na Akropolo, v preteklost, kar ustreza političnemu sporočilu grške vlade v novo stavbo: zavrtimo uro nazaj in spomenik vrnemo nazaj prvotno stanje (ali vsaj združite vse njegove dele, ki so zdaj shranjeni v Londonu, Parizu, Palermu, Rimu).
Takšna retorika bi lahko vplivala na arhitekturni projekt: tudi po zmagi Chumijeve različice na natečaju leta 2001 je bilo v Grčiji veliko zagovornikov neoklasičnega oblikovanja muzejske stavbe. Vendar zelo diskreten obseg stekla, betona in marmorja predstavlja veliko bolj diskretno kuliso za zbirko skulptur od arhaičnega obdobja do rimskih časov kot nekakšna "zgodovinirajoča" struktura.
Ker so pod stavbo našli ostanke mestne četrti antičnih časov, so jo sklenili dvigniti nad zemljo na 100 betonskih nosilcev s "tečaji", ki naj bi ublažili tresljaje v primeru morebitnega potresa; na prvi pogled so razporejeni naključno, v resnici pa - da ne bi poškodovali arheoloških najdb. Temelji starodavnih hiš so vidni skozi odprtine in zastekljene površine v tleh muzejskega pritličja, kjer je veža in dvorane začasnih razstav. Od tam se obiskovalec povzpne v drugo nadstropje, kjer so razstavljeni vsi eksponati, razen skulptur Partenona, na voljo pa je tudi odprta terasa s kavarno. Tretje nadstropje z "Galerijo Partenona" je pravokoten zastekljen prostor, v središču katerega je betonski volumen, ki ponavlja velikost celle templja. Na njem je iz prvotnih delov in odlitkov poustvarjen znameniti friz s panatenajsko procesijo.
Resno vzdušje "umetniškega templja" v muzeju se bo nadaljevalo kljub pričakovanemu ogromnemu številu obiskovalcev: hrup bodo absorbirale številne krožne luknje v betonskih stenah. Poleg odsotnosti kakršnega koli dekorja je število znakov in nalepk zmanjšano na zahtevani minimum: nič ne sme odvračati pozornosti od eksponatov. Dobro premišljena pot bo olajšala ogled zbirke: od arheoloških izkopavanj pod stavbo do arhaične skulpture v drugem nadstropju, nato do galerije Partenona v tretjem in nato do del helenističnega in Rimska obdobja.
