Muzejski kompleks je rekonstruirana elektrarna iz začetka 20. stoletja, opečnata zgradba z neoklasično štukaturno dekoracijo, v katero so vdelane kristalne oblike, značilne za Libeskind. Od zunaj berejo kot kubični in podolgovati modri zvezki iz nerjavečega jekla, ki štrlijo iz tal stavbe. So v obliki dveh črk hebrejske abecede - "klobuk" in "jod", ki skupaj tvorita geslo Libeskindovega projekta L'Chaim, kar pomeni "v življenje". Vendar so berljivi le, če stavbo pogledate od zgoraj, kar je za povprečnega obiskovalca muzeja nedostopno.
V avli muzeja je stena nasproti vhoda obložena z poudarjenimi reliefnimi črtami, ki tvorijo besedo "pardes", kar pomeni "rajski vrt" in simbolizira tudi štiri ravni razumevanja Tore. Toda ta element projekta je zaradi ostrih ovinkov v preddverju težko zaznan tudi s težavo.
Na glavnem - prvem nivoju kompleksa - je tudi avditorij (na stropu katerega je abstraktno prikazan zemljevid Svete dežele), izobraževalni center in galerije. V drugem nadstropju so upravni prostori in istoimenska razstavna dvorana, vpisana v ogromno kocko črke "jod", osvetljeno skozi 36 poligonalnih oken.
Libeskind sam poudarja razliko med stavbo v San Franciscu in njegovimi judovskimi muzeji v starem svetu: kalifornijska stavba nima žiga katastrofe holokavsta, ki je nujno prisoten v njegovih evropskih projektih. Kljub temu je jezik arhitekture Libeskinda ostal enak: ostre, lomljene črte, ki so prej simbolizirale zgodovinsko tragedijo, bi zdaj morale predstavljati "nebeške kabine" cvetoče judovske diaspore na pacifiški obali.
