Leta 1966 so Utzona zaradi finančnih nesoglasij z avstralskimi oblastmi izključili iz projekta. Arhitekti, ki so nadaljevali z gradnjo gledališča, so operno dvorano preselili znotraj stavbe, projektu pa dodali tudi več avditorijev, ki so bili sprva nenačrtovani.
Zaradi tega ima glavna dvorana operne hiše povprečne akustične lastnosti zaradi svoje nezadostne velikosti, nekateri glasbeniki njegovega orkestra morajo sedeti na globini 12 m v primerjavi z odrom, balerine, ki zapuščajo oder, pa morajo biti tako zavarovane da ne zadenejo betonskih zidov: da bi se lahko ustavili, preprosto ne.
Utzon zdaj predlaga, da se raven tal dvorane zniža za 4 metre, pri čemer se uporabi prostor upravnih in tehničnih prostorov pod njo, zanje pa se izrežejo novi predelki v kamniti podlagi peščenjaka, na katerem stoji gledališče. To bo izboljšalo zvok glasbe, za odrom pa bo več prostega prostora.
Sam Jorn Utzon z Danske v Sydney ne bo mogel: pri svojih 88 letih bo zanj pretežko. Če oblasti odobrijo projekt, bo nad izvajanjem projekta bdel njegov sin Ian.
